Existen múltiples vías de aplicación como: intraarterial, intratecal, dérmica e intravenosa. La aplicación dependerá del tipo de padecimiento o resultado que quiera lograrse. La mayor parte de las aplicaciones pueden ser realizadas en un consultorio o clínica, de manera ambulatoria, sin requerir hospitalización. Su médico determinará qué aplicación es la apropiada para su padecimiento o para lograr los resultados estéticos que esté buscando.

Dadas sus funciones específicas, las células troncales mesenquimales tienen diversas aplicaciones, desde tratamientos estéticos, hasta tratamientos de enfermedades del sistema inmune, sistema nervioso y músculo esquelético, entre otros. También, por su función inmunomoduladora y antiinflamatoria son recomendadas en pacientes con enfermedades respiratorias o con secuelas derivadas de las mismas.